U drugoj polovici V. ili početkom VI. st. na dominantnome položaju unutar naselja, otprilike na mjestu postojeće crkve, izgrađena je ranokršćanska crkva, pravilno orijentirana jednobrodna građevina. U crkvu se ulazilo kroz narteks, i to kroz dva bočna ulaza. Ispred narteksa nalazio se hodnik, kojim je crkva bila spojena s oktogonalnom zgradom krstionice. Unutar krstionice nalazila s heksagonalna piscina, dno koje je bilo obloženo mramornim podnim pločama, istima kakvima je popločen i dio svetišta postojeće crkve te nije isključeno da je i pod u ranokršćanskoj crkvi bio njima popločen. U zgradi krstionice ostala je djelomično sačuvana originalna betonska podnica, stuba i kameni prag prema hodniku. Od unutrašnjega inventara crkve očuvana je oltarna mramorna menza, poslije postavljena i u predromaničkoj crkvi, više ulomaka prozorskih tranzena te velika količina mramorne arhitektonske plastike. U šuti uokolo krstionice pronađen je rustikalni mramorni kip božice Dijane ili Velike Majke (Magna Mater). Vjerojatno su kip antičke poganske božice kršćani u V. st. razbili i bacili niz padinu. Uz crkvu je nađeno nekoliko kasno-antičkih grobova. Utvrdu i crkvu razorili su i spalili Slaveni potkraj VI. st. Iz VIII. st. potječu ulomci keramičkih posuda i jedan paljevinski grob. Na početku IX. st. franački su misionari iz sjeverne Italije, vjerojatno benediktinci, kraj ruševina ranokršćanske crkve izgradili drvenu jednobrodnu crkvu s pravokutnom apsidom i nadstrešnicom ispred ulaza. Unutar crkve nalazila se podnica djelomično napravljena od gline pomiješane sa šutom, a djelomično je ležala na živoj stijeni. U crkvi su nađeni koštani ulomci oplata drvne kutijice, vjerojatno dijelovi relikvijara. Ispred svetišta u unutrašnjosti crkve ostale su rupe od stupova, vjerojatno ostataka drvene oltarne pregrade. Tijekom IX. st. oko crkve se formiralo groblje kristijaniziranoga stanovništva na kojem se u kontinuitetu pokapalo sve do XIX. st. Kraj drvene, a iznad ranokršćanske crkve u IX. st. bila je podignuta predromanička crkva, koja je imala tri upisane apside, predvorje i zvonik na pročelju kroz koji se ulazilo, te još jedan ulaz na južnoj strani. Svetište romaničke crkve inkorporiralo je dijelom središnje svetište predromaničke crkve, te je središnja apsida predromaničke crkve još uvijek djelomično vidljiva i unutar svetišta danas postojeće gotičke crkve, koja je preuzela romaničku apsidu u cijelosti u visini više od 2 m. Nađena je velika količina kamenih ulomaka arhitektonske i ukrasne plastike datirane u IX. do XI. st. Prvu oltarnu pregradu, od koje je sačuvano nekoliko pilastara i pluteja, crkva je dobila početkom IX. st., dok je veće preuređenje nastupilo u drugoj polovici XI. st. Od predromaničkih ulomaka ističu se lijepo oblikovani pilastri, pluteji, ambon, ciborij i dvije oltarne menze. Nađen je ulomak tranzene s likom bradata čovjeka, vrlo vjerojatno dostojanstvenika koji je sudjelovao u unutrašnjem uređenju crkve u drugoj polovici XI. st. Na arhitravu oltarne pregrade i ciborija pojavljuje se nekoliko ulomaka predromaničke skulpture s dvoprutom ili troprutom pletenicom i dijelovima natpisa. Prema nađenim ulomcima s dijelovima natpisa pretpostavlja se da je titular crkve bila sv. Marija, a spominju se i sv. Andrija, sv. Ambroz ili sv. Anselmo, te sv. Pavao, a vjerojatno se u invokaciji spominje i Sveto Trojstvo. Više titulara crkve bilo je uobičajeno u ranome srednjem vijeku. Predromanička crkva u Loboru za sada je jedina predromanička crkva otkrivena u sjevernoj Hrvatskoj. Bogatstvo njezina interijera uvrštava je među najljepše i najraskošnije ranosrednjovjekovne crkve. Srušena je najvjerojatnije potkraj XII., a najkasnije do polovice XIII. st. Tada je otprilike po njezinoj sredini izgrađena nova romanička crkva.